1、譜圖翻轉
陰離子系統不需要此步操作。由于陽離子出的峰均為倒峰，處理譜圖時先要將譜圖翻轉。
智能型離子色譜儀陽離子譜圖翻轉具體方法如下：在譜圖上的zui前端，單擊鼠標右鍵，選擇“負峰倒轉起點”；在zui后一個離子峰的終點之后，再單擊右鍵，選擇“負峰倒轉終點”，這樣就實現了譜圖翻轉。
2、譜圖中雜峰的消除
陰離子譜圖的處理：在譜圖的zui左端單擊鼠標左鍵，選擇“禁止判峰”命令，在氟離子峰起點處單擊鼠標左鍵，選擇“峰分離”命令；再調節“譜圖參數”表中“zui小峰面積”值以使峰面積低于設定值的基線雜峰的保留時間得以全部消除。（具體情況中還有不同的操作）陽離子譜圖的處理：通過交替選擇使用“禁止判峰”、“恢復正常”和“峰分離”命令，實現譜圖的*處理。
3、在“定量組份”表中，輸入各組份名稱，如果是標樣還需將該標樣對應的濃度輸入。
注意：智能型離子色譜儀線性法檢測樣品時，濃度值應隨所進樣品對應濃度而修改）
4、單擊“定量方法”表，選擇“歸一”，單擊“定量計算”命令。
注意：此步只用于*次進樣時快速取保留時間，如果樣品已經定性好，此步及下一步不需要操作
5、回到“定量組分”表，單擊“取保留時間”按鈕，實現對各組份進行定性。
6、單擊“定量方法”，選擇“計算校正因子（標準樣品）”（標準樣品計算時采用的*的計算方法）。單擊“定量計算”，選擇“保存”命令。
7、單擊“定量結果”查看數據。
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